目前我國快遞業快速擴張期，同時也是問題多發期，申通正是快遞行業的一個典型縮影。
與順豐在2013年轉型直營模式不同，全國絕大多數民營快遞公司仍然采用加盟模式，申通也不例外。但加盟模式也導致公司管理較為混亂，對上市產生一定影響。
就在雙十二過去不久，上海浦東三林地區的申通快遞服務中斷，積壓快件達兩萬多件。主要是因為申通三林分公司推遲發放員工工資，80名派件員集體停工，拒絕派件。
申通快遞隨后調撥人力派發積壓快件，并表示，在今后管理中，將進一步加強對網點服務的監督和管控力度，同時對給消費者的造成的影響的加盟商和個人將采取零容忍的態度。上海市郵政管理局的負責人也表示，下一步將繼續關注該公司的后續派件工作，約談申通總部和該公司的相關負責人并依法對該公司發生的違法行為進行立案查處。
由此可見，加盟模式雖然能以較低成本實現快速擴張，卻提高了門店管理難度，難以保障最終服務質量。不僅如此，申通對門店違規懲罰力度要遠小于圓通，過低的違規成本也會降低物流服務效率。加盟商和快遞企業總部之間的若即若離，將成為申通的隱痛。
申通目前仍以規模優勢取勝，但是其也存在明顯的劣勢，一是管理松散，人員流動性較大，二是品牌意識不足，沒有在市場中樹立清晰、良好的品牌形象。
對于申通來說，上市只是第一步，未來還面臨諸多挑戰。在低端快遞市場上，它不僅要面對圓通、中通等傳統競爭對手的逐漸強大，還要應對來自電商物流的擠壓；在高端市場上，申通與順豐之間仍然存在較大差距，且有擴大之勢。申通上市之后，或許這種尷尬現狀能夠稍有改變，但是它想要成為真正的中國第一民營快遞企業還有很長的路要走。
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